豊臣秀吉が1585年に紀州を平定し、副将として参陣した弟の秀長に紀伊・和泉の2ヶ国を加増した。秀長は若山と呼ばれたこの地の「吹上の峰」に築城し、和歌山と改められた。
桑山重晴に3万石を与え城代に据え、秀長死後も桑山しが城代を継いだ。
1600年に関ヶ原の戦いの戦功によって浅野幸長が37万6千石を与えられ紀州藩主となり入城した。幸長は城の大改修を行い、本丸(現天守曲輪)と二の丸(現本丸)が築かれた。
1619年に徳川家康の十男・頼宣が55万5千石で入城し、御三家の紀州徳川家が成立した。城も御三家の居城にふさわしいものとするため拡張・整備が行われた。その後、城下町の整備をし、総構えの外堀を計画したが、大規模な拡張が続いたために幕府より謀反の嫌疑をかけられ、工事は中止された。
和歌山城は火災の被害が多く、1655年に家臣の屋敷より出火し、西の丸・二の丸に延焼した。1813年には大奥より出火し西の丸御殿が全焼した。1846年には天守曲輪に落雷があり、大小天守など本丸の主要建造物が全焼した。当時は武家諸法度により天守再建は禁止されていたが、御三家への特別な計らいにより許可され、1850年に大小天守等が再建された。
その後、明治維新を迎えて廃城となったが、1935年には、天守など11棟が国宝に指定された。しかし、1945年7月9日のアメリカ軍による空襲により天守などの指定建造物11棟すべてが焼失した。
現在の天守は1958年に鉄筋コンクリートにより外観復興されたものである。
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