各巻ストーリーブギーポップ
ちょっとした噂話さ・・・・・・・。そいつはその人が最も美しいときに現れて、そいつが醜く朽ちていく前にそいつを殺すらしい・・・・・・・・・・・・・・・・・。正体なんてもんはだれもしらない。ひょっとかしたらやつは誰の中にでも居るのかもしれない・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・。
「・・・・・・・・・・・僕は自動的なんだ・・・・・・・・・・・・・・・。」
登場人物
ブギーポップ
正体不明の謎の人物。世界にとって危険と思われる者を次々と排除していく。普段は宮下藤花の身体に隠れている二重人格的存在である。左右非対称な顔をしていることが多々あるらしい。統和機構とはよく衝突する。ただし連戦連勝。
宮下藤花
序盤の小説のほとんどに登場する、本人には自覚がないが、彼女こそがブギーポップを持つ少女である。二重人格として普段は表に出ることのないブギーポップを持つ彼女は、いつもブギーポップの衣装が入ったスポーツバックを持っている。
衣川琴絵
飛鳥井 仁とは親戚関係にある女の子。スプーキーEによって洗脳される。
織機 あや（カミール）
統和機構の人間。ｽﾌﾟｰｷｰEにこき使われるが、なんとかして自由を手にする。その後は正樹と幸せな生活を送る。
谷口正樹
霧間凪と同じ屋根の下で暮らす男の子。空手の達人でイマジネーター編ではその力を使って偽ブギーポップとして織機と行動する。彼もまた多くの事件に巻き込まれていく。エンブリオ編では瀕死の重傷を負う。
未真和子
宮下藤花と同じ高校に通う少し変わった女の子。その趣味のせいか、変人のせいか、かつて命を狙われたことがあった。
飛鳥井仁
普通の人間ではあるが、特殊能力として相手の欠点・短所を見抜く力を持っており、その力を使ってイマジネーターの手下的存在となる。その能力とは相手の胸のあたりに「花」が見えるというものである。
霧間 凪
別名「炎の魔女」。かつてスケアクロウ／黒田慎平によって一命を助けられ、黒田の思想に少し影響を及ぼしてか、現在のむちゃくちゃな行動に出ている。
霧間誠一
霧間凪の父親。本人は小説家を本職としているが、実際その副産物的存在の論文とかの方が売れていて、年間数十万部は売れている。しかし、統和機構によって殺される。
ｽﾌﾟｰｷｰE
統和機構の合成人間。電気を操り人間の意志などを思いのままに支配することができる。いろいろと出てくるお方。本人は情報走査型のタイプであるため、特に戦闘能力は高くない。彼の能力は多くの人間を自分の「端末」として使用し、情報を収集するわけだが、意外に簡単にその呪縛からは逃れることができるようである。
イマジネーター（水乃星透子）
かつて霧間誠一と会ったことがあり、その時誠一に「四月に雪が降ることもある」という言葉を聞かされる。この言葉は意外と意味があるようで物語の各所で出てくる。しかし彼女もまたブギーポップによって消される。彼女の特殊な能力とは、「人の死が見える」ことである。彼女の目的は人から死の恐怖を取り除くことであり、その野望は死んでも、飛鳥井仁に引き継ぐようにその霊は促す。
マンティコア
統和機構が作り出した謎の生命体。もともとエコーズからサンプルを取り出して作り出したものであるが、実験中に脱走。その変化能力の高さは統和機構すらおそれて、他の同タイプの実験体を処分してしまうほど、やばい代物である。
早乙女正美
普通の学生であったが、生きることに対して深い憎悪を持つ男であった。彼はマンティコアと出会い、その人生を狂わせる。最後はエコーズの一撃からマンティコアを助けるために死ぬ。ちなみに彼はかつて霧間凪に告白したことがあり、物語の終盤では凪を殺す・・・・という大変やっかいな男。
新刻 敬
深陽学園の風紀委員長である。外見はかなり幼いが、しっかりとした生活の持ち主で、
田中志郎
深陽学園の生徒。弓道部に所属。ルックスよしのいい男だが、気弱な点が見えるため、その存在感みたいなものがだされていないかわいそうなやつ。マンティコア戦では逃げたかと思ったら矢でマンティコアを射抜くとか、結構行動派。歪曲王編ではなんと能力を開花させ、物語の主役となっている。
エコーズ
正体不明の男。統和機構に捕まったことにより、その生体構造を分析され、マンティコアを生み出してしまう要因を作る。しかし戦闘能力は高く、完全体ならばかなう敵はいない。
スケアクロウ（黒田慎平）
統和機構に所属する生体ユニット。情報探索・MPLSの発見を主任務とし、社会の異端者を発見して組織に知らせることが任務。しかし霧間凪との出会いにより、統和機構を裏切った結果、モ・マーダーによって殺される。
ピジョン
スケアクロウとコンビを組んでいた統和機構の生体ユニット。スケアクロウに対して恋心を抱いていて、彼を殺したモ・マーダーに復讐を果たす。
モ・マーダー（佐々木政則）
統和機構の暗殺専門の人物。腕に仕込まれた超振動装置で敵を殺すことが可能。霧間凪との出会いでその行動理念を崩され、統和機構とは関係のない行動をし、凪を助けるために敵の罠にはまり戦死する。
寺月恭一郎
統和機構に所属する人物。一般社会に置いて有力な会社を経営する人物であるが、その知名度の高さから統和機構にマークされることになる。ペパーミントの魔術師では十助と共にいろいろと活躍する（？）が統和機構によって消される。
来生真希子
もとは普通の人間であったが、スケアクロウの持ち出してきた秘薬を体内投与し、常人では計り知れない力を手に入れる。連続猟奇殺人事件の犯人であり、霧間凪、未真和子らを狙っていた。
榊原 弦
霧間誠一の親友であり、谷口正樹、霧間凪の武道の師匠である。きまぐれに人助けもする。
海影香純
「パンドラ」に登場する主人公格。特殊能力「イントゥアイズ」を持っており、相手の瞳の中にその人物が未来に出会うものを見ることができる。
神元功志
「パンドラ」に登場。特殊能力「ウィスパリング」で未来の言葉を予言。但し言っている言葉自体は本人は理解不可能で、聞く相手を必要とする。両親が宗教的なことを指導しているせいか、幼い頃よりいろいろと複雑に考えて生きてきている
七音恭子
「パンドラ」に登場。特殊能力「アロマ」で未来の匂いをかぎ取る。
数宮三都雄
「パンドラ」に登場。特殊能力「ベイビィートーク」で曖昧な未来を予想。ただ、あまりにも唐突的でいつ発動されているか見極めが難しい。彼の最後は実に彼らしいものである。
天色 優（ユージン）
「パンドラ」に登場。統和機構の戦闘型生体ユニット。暗殺者としては超一流らしい。能力は敵に「リキッド」といわれるものを注入して、内部からその身体を爆発させるもの。統和機構内ではかなりの実力者のようで、統和機構が誇る「最強：フォルテッシモ」も一目を置いていたようである。涼しい顔してしっかりと任務もまっとうする。
辻 希美
「パンドラ」に登場。能力「オートマティック」を持っていると思わせていたが、実は能力はない。神元の親友。
キト
「パンドラ」に登場。統和機構とは違う組織で作られた究極の大量殺戮兵器。体内に高致死性のウィルスを保有。ただし彼女が死ぬまでそれは発動されない。
スクイーズ（蝉ヶ沢卓）
ペパーミントに登場する戦闘型の合成人間。能力は空気を圧縮し、かまいたちのような技を繰り出すものである。普段の彼は寺月の会社に所属するデザイナーである。統和機構内でもその能力は高い方のようである。
軌川十助
ペパーミントの魔術師。それが彼の別名。彼の能力とは人の痛みを感じ、それに見合ったアイスをもって他人を安らげてあげること、実際の能力は「人の恐怖を取り除く」である。彼の能力は使いようによっては世界を支配できうる物であったが、彼自身がそれを望まず、風来坊のような生き方を選ぶ。
楠木 玲
才的な才能を持つ料理人。軌川十助のアイスクリーム会社の副社長として招かれたが、十助のアイスクリームと接触している打ちにその心を忘れ、途中、天スプーキーEによって洗脳されてしまうが、十助によって最後には自分を取り戻す。
キャプテン・ウォーカー（景山）
ペパーミントに登場する殲滅型合成人間。能力は空気中の燃焼生物質を使った広範囲爆発である。しかし、作戦実行直前にブギーポップによって殺される。
ゴースト（結城怜治）
ホーリィ＆ゴーストの主人公、海影と同じ学校に通っていたが、いつも自分が何となく中途半端に思え、街をぶらぶらしているときに、相方となるホーリィこと濱田聖子と知り合い。事件に巻き込まれる。基本的に楽観主義者のようである
ホーリィ（濱田聖子）
彼氏に殴られ、逃げる途中にゴーストと知り合い、たまたま盗んだスクーターに爆弾が仕掛けてあり、それがすべての発端となった。考えてみれば不幸続くな少女ではあるが、それを乗り切る精神的タフさも兼ね備えている。
江森 譲
ホーリィ＆ゴーストを影で操る電子空間の仮想生物「スリムシェイプ」の生みの親。半覚醒状態の病状であるが、ネット空間を利用して、他の人間達に司令を出していた。
ジェス＆タル
スリムシェイプに従って数多くのミッションをクリアしてきたと思われる元傭兵の二人組。戦士としても気質に優れているようだが、本作品ではそういったところを特に感じさせる場面は少ない。
アフターマス
傭兵集団。今回は「ロックボトム」というものを護衛、運ぶための任務を担っており、わけあってホーリィ＆ゴーストをつけねらう。
ドクター
アフターマスの構成員の一人。常に冷静沈着なそのそぶりから、仲間内から「ドクター」の愛称で呼ばれている。かつて某国の開発した生物兵器を極秘輸送中に統和機構の刺客に襲われ、所属していた部隊が自分を残して全滅したという経験を持つ。
雨宮世津子（リセット）
統和機構が誇る最エリートの始末屋。コード名「リセット」はその名の通り彼女の任務達成率の高さを誇り、もう一人の始末屋「最強」と並んで組織の重要人物。能力は「モービィ・ディック」。破壊力を調整することによりあらゆる破壊を可能にする。
宇治木 貢
もとMCEの社員で、寺月恭一郎が死んだときにその遺産の大部分をかすめ取ることに成功し、その力を持って強権をふるっているが、スリムシェイプによる企業のヤバイ情報を握られ、それをだしに金をだまし取られていることに業を煮やしている。作品では彼が寺月氏から預かった「ロックボトム」といわれる環境破壊兵器の処理にからんで、引きずり回され、最後はリセットにより暗殺される。
ピート・ビート（世良稔）
「ピートのディシプリン」の主人公。能力はNSUという手のひらからの震動によって周りの状況や、相手の状態を知ることができる非戦闘型能力である。ただし、本人はその能力をフルに活用することにより、親ともいえる統和機構ですら知らない戦闘力を有する。統和機構の暗殺者、モ・マーダーとは師弟の関係であり、人間社会においては叔父の関係である。
ラウンダバウト（奈良崎克巳）
ピートと同じような能力を有し、ピートをつけねらうターミネーター的な嬢ちゃん。最後はピートの情けか、リセットからの攻撃を退けることにより生命を保つ。